Com base em investigações arquivisticas encontra-se na fase de levantamento de mapas e fontes textuais sobre cultura material nos quilombos. É objetivo também localizar sítios arqueológicos, mapas e fontes textuais de quilombos no Rio de Janeiro, Minas Gerais, Maranhão e Mato Grosso. O projeto prevê escavações futuras (participação de Luis Claudio Symanski, incluindo a pós-graduação em pós-graduação em Arqueologia da UFMG) em algumas áreas já identificadas no Mato Grosso. Pesquisas sob a coordenação de Isadora Mota e Flávio Gomes, incluindo Princeton University e os programas de pós-graduação em História da UFRJ.

Trata-se de um conjunto de pesquisas sobre cartografias, mapas e história social de quilombos, revoltas, escravidão urbana e africanos etc. no Brasil e nas Américas entre os séculos XVI a XX. Analisando a localização de quilombos, mocambos, revoltas, roças dos escravizados, plantation, moradias urbanas, casebres e várias dimensões da cultura urbana e das comunidades de senzalas são realizadas diversas pesquisas utilizando mapas históricos e cruzamentos com outras fontes textuais e imagéticas. Pesquisas sob a coordenação de Isadora Mota e Flávio Gomes, incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e Princeton University.

Trata-se de um conjunto de ações de pesquisa, ensino e formação de alunos (graduação, mestrado e doutorado) nas temáticas da arqueologia histórica, paisagens e cultura material, com destaque para a cidade do Rio de Janeiro, colonial e pós-colonial. Pesquisas diversas sob a coordenação de André Chevitarese e Flávio Gomes, incluindo os programas de pós-graduação em História Comparada (PPGHC) e a pós-graduação em Arqueologia do Museu Nacional (UFRJ).

Conjunto de investigações em periódicos de Salvador (Idade do Ouro e O Mercantil) e do Rio de Janeiro (Gazeta do Rio de Janeiro, Jornal do Commércio e Diário do Rio de Janeiro) e também registros prisionais para analisar os padrões de fugas e dos fugitivos escravos na primeira metade do século XIX. Como, quando e por quê cativos fugiam? Quais os padrões e características das fugas e perfil dos fugitivos? Como a sociedade escravista reprimiu as fugas e interagiu com os fugitivos, aliciadores e acoitadores? Quais as dimensões culturais e matérias dos universos criados pelos fugitivos e a sociedade envolvente? Estas e outras questões permeiam um conjunto de investigações em andamento com uma perspectiva de história social, demografia e padrões quantitativos. Pesquisas sob a coordenação de Claudio Pinheiro, João José Reis e Flávio Gomes, incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e a pós-graduação em História da UFBA.

Trata-se de um conjunto de ações de pesquisa, ensino e formação de alunos (graduação, mestrado e doutorado). Com financiamento do CNPq e FAPERJ, além de apoio da FIOCRUZ e da UFRJ tem sido oferecidos cursos de graduação e pós, digitalização de documentação (da Santa casa de Misericórdia e outros acervos privados de fazendas) e a publicação de coletâneas, reunindo assim investigações e pesquisadores nas áreas de Escravidão, história social e história da Doença. Pesquisas sob a coordenação de Tânia Pimenta e Flávio Gomes, incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e pós-graduação em História da Saúde e das Doenças da FIOCRUZ.

Trata-se de um conjunto de pesquisas sobre cartografias, mapas, história social e biografias de intelectuais negros e instituições no Rio de Janeiro. Analisando a localização de trapiches, escolas, irmandades, espaços religiosos etc. são realizadas diversas pesquisas utilizando mapas históricos e cruzamentos com outras fontes textuais e imagéticas. Pesquisas sob a coordenação de Antônio Carlos Higino da Silva, Higor Ferreira e Flávio Gomes, incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e a pós-graduação Latu Sensu do Colégio Pedro II.

Pretende-se considerar os padrões de formações de comunidades escravas, entre 1820 a 1880, relacionando-os com o perfil sócio-demográfico, identidade étnica, ocupação e gênero.  Fontes de natureza diversas sugerem abordagens sobre as concepções de doenças, curas, festas e parentesco rituais nas senzalas das áreas escravistas, assim como parentesco, família, padrões de posse de escravos. Pesquisas sob a coordenação de Maria Helena Machado e Flávio Gomes, incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e a pós-graduação em História da USP.

Pesquisas comparativas em história atlântica sobre Brasil (Rio de Janeiro) e o Caribe Francês (Guadalupe e Guiana Francesa). Pesquisas em arquivos de Guadalupe, Guiana Francesa, em Paris, Caiena e Belém, além do Rio de Janeiro (incluindo sites e documentação digital). Pesquisas sob a coordenação de Iamara Viana e Flávio Gomes

Trata-se de um conjunto de pesquisas sobre as fronteiras da Amazônia Oriental, envolvendo populações escravizadas, trabalhadores compulsórios, populações indígenas, escravidão e pós-emancipação entre os séculos XXVII e XXI. Márcio Meira, Rosa Acevedo e Flávio Gomes realizam um amplo levantamento cartográfico e de fontes textuais (em acervos de Belém, Manaus, Rio de Janeiro, São Paulo e Caiena, na Guiana Francesa) sobre os processos de Etnogenese de populações indígenas, africanas e seus descendentes no período colonial e pós-colonial nas áreas de fronteiras com a Guiana Francesa, Suriname, Venezuela, Guiana, Peru e Bolívia.

Desde seus primórdios, a escravidão nas Américas abraçou como princípio fundamental o partus sequitur ventrem, estabelecendo o ventre como o próprio locus da escravidão. Ao contrário do princípio patriarcal que regia a sociedades senhoriais atlânticas, no âmbito da escravidão, era a condição materna – ou do ventre – que definia o cativeiro da prole. Sua implementação implicou na dupla apropriação da mulher escravizada; enquanto trabalhadoras, as mulheres africanas e suas descendentes – assim como seus pares masculinos - produziram a riqueza escravista; como mulheres, seus corpos foram apropriados como reprodutores da escravidão.  Alforrias, contratos de trabalho, guarda de filhos/as, possibilidades de autonomia, movimentação geográfica e manutenção dos laços familiares, entre muitos aspectos atravessaram os debates sobre a condição da mulher afro descendente.  Pesquisas sob a coordenação de Maria Helena Machado, Iamara Viana e Flávio Gomes incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e a pós-graduação em História da USP.

Sob o nome “Café com Açúcar” um programa de pesquisas sobre arqueologia histórica em fazendas e plantation das regiões norte fluminense açucareiro (Campos de Goitacazes) e vale do Paraíba cafeeiro (Valença). Reunindo um equipe de alunos, pesquisadores e sob a coordenação de Luis Claudio Symanski e Flávio Gomes foram realizadas pesquisas arquivisticas no Arquivo Estadual de Campos dos Goitacazes, Cúria Metropolitana, Igreja de São Salvador e Mosteiro de São Bento, sendo escavada as fazendas das ordens religiosas, beneditinos (Fazenda de São Bento) e Jesuítas (Fazenda do Colégio), ambas fundadas no final do século XVII e com uma massiva presença de trabalhadores escravizados indígenas e depois africanos. Também foi escavada a Fazenda Santa Clara, na divisa do Rio de Janeiro e Minas Gerais, em Valença. Em diversas fases as escavações foram autorizadas pelo IPHAN, financiadas e apoiadas em diferentes etapas pela FAPEMIG, FAPERJ, CNPq, UFPR, UFRJ e UFMG. Pesquisas sob a coordenação de Luís Claudio Symanski e Flávio Gomes, incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e a pós-graduação em Arqueologia da UFMG.

Estudo sobre as repercussões da Revolta de São Domingos (Haiti) no Brasil escravista colonial e pós-colonial. Utilizando registros da bibliografia, cronistas, fontes policiais, jornais e memórias a pesquisa mergulha no mundo atlântico das idéias de protesto e insurgência escrava. Em diferentes contextos – especialmente a partir de 1791 até 1848 – surgem rumores, denúncias e investigações em tornos de idéias de sedição escrava e movimentação política de setores livres negros. Chamada no Brasil de “Haitianismo” surge uma cultura política de mobilização racial, envolvendo setores escravos, livres e incluindo letrados. As pesquisas em andamento – Flávio Gomes e João Reis -- para a preparação de um livro já aparecem em vários artigos publicados. Pesquisas financiadas pelo CNPq, incluindo os programas de pós-graduação em História da UFRJ e a pós-graduação em História da UFBA.

Conjunto de ações de pesquisa, ensino e formação de alunos (graduação, mestrado e doutorado) nas temáticas da história do trabalho, raça, exclusão, Global History e suas interconexões. Reuniões, seminários e pesquisas diversas sob a coordenação de Wallace Moraes, Paulo Fontes, Claudio Pinheiro, André Chevitarese e Flávio Gomes, incluindo os seguintes laboratórios: Coletivo de Pesquisas Decoloniais e Libertárias (CPDEL), Laboratório de História das Experiências Religiosas (LHER) e Laboratório de Estudos de História dos Mundos do Trabalho (LEHMT), vinculados aos programas de pós-graduação em História Comparada (PPGHC), pós-graduação em História Social (PPGHIS) e pós-graduação em Filosofia (PPGF), todos da UFRJ.

Comunidades de fugitivos revoltas escravas foram analisados enquanto fenômenos históricos hemisféricos na tentativa de entender os contextos de suas ocorrências, impactos rurais e urbanos, repressão, relações de poder e mundos senhoriais. João Reis e Flávio Gomes – para além de suas pesquisas sobre mocambos e revoltas escravas -- organizaram uma coletânea reunindo mais de uma dezena de pesquisadores com pesquisas sobre revoltas escravas desde o século XVII até as vésperas da Abolição, cobrindo várias áreas e regiões do Brasil. Pesquisas financiadas pelo CNPq. Javier Lavina (Universidade de Barcelona), Isadora Mota (Princeton University) e Flávio Gomes (UFRJ) estão organizando seminários e publicações sobre estudos comparados envolvendo sociedades escravistas e sociedades com escravos na dimensão sul-sul.